1、线粒体是进行有氧呼吸的主要场所。有氧呼吸是指细胞或微生物在氧的参与下，通过多种酶的催化作用，把有机物彻底氧化分解（通常以分解葡萄糖为主），产生二氧化碳和水，释放能量，合成大量ATP的过程。
2、生物化学将有氧呼吸主要分为两个阶段。第一阶段，是在细胞质里进行的糖酵解：即在无氧条件下把葡萄糖转化为丙酮酸，并产生少量ATP和NADH。
3、第二阶段，是在线粒体进行的柠檬酸循环：即在有氧条件下把丙酮酸转化为二氧化碳和水，并产生少量的GTP和大量的NADH与FADH
4、最终，糖酵解和柠檬酸循环所产生的NADH和FADH入氧化磷酸化过程，代谢产生大量ATP。至此完成有氧呼吸的全过程。
5、线粒体拥有自身的遗传物质和遗传体系，但